辣條味道雖好，但關於其安全問題，也成了不少人爭議的話題。在辣條國家標準徵求意見出台之前以及早前一些媒體報道中，辣條可是常常上了食葯監局的「黑名單」。比如在2015年至2017年中旬，全國有15個省份共計131家辣條生產企業的195批次辣條上了黑名單，而在在通報的180起食品安全問題中，食品添加劑不合格是主要原因，其中菌落總數超標佔68起，甜蜜素超標佔30起。
此外，相關人士也曾指出辣條由於產品品類時間短、標準建設滯後，因此還存在着標準銜接不上的問題。
對於辣條產業所相關的種種問題，原國家食品藥品監管總局於2016年11月提出調味面製品行業國家標準立項，由河南省口岸食品檢驗檢測所、中國食品科學技術學會等機構牽頭，計劃用一年左右時間制定好辣條的國家標準。
針對辣條各地標準不一的情況，新近出台的《徵求意見稿》中標明，食品添加劑的使用應符合GB 2760中方便米面製品的規定。
